Ở phía đông nam Đại Mạo Sơn có rừng rậm. Do điều kiện khí hậu nên cây gỗ chỉ phát triển tới độ cao 500m. Trên độ cao này thì cây bụi và cây thân thảo là chủ yếu.

Trong quá khứ, Đại Mạo Sơn nổi tiếng về một loại trà xanh, được gọi là trà sương mù hoặc trà mây, mọc hoang dã ở sườn núi. Thỉnh thoảng có thể nhìn thấy người dân địa phương lấy chè để pha trà xanh.

Hơn 1.500 loài thực vật đã được ghi nhận ở Đại Mạo Sơn, bao gồm 27 loài lan hoang dã bản địa, hoa loa kèn hoang dã (Lilium brownii) được bảo vệ, loài này chủ yếu mọc ở phía đông của núi, 24 loài dương xỉ bản địa bao gồm cả các loài dương xỉ mộc, trong đó tổng cộng chỉ có 4 loài dương xỉ mộc trên toàn bộ núi, 19 loài cỏ bản địa, và 7 loài tre trúc bản địa. Camellia sinensis var. waldenae (trước đây là Camellia waldenae) cũng được tìm thấy trên núi.

Một số loại lan hoang dã cũng phát triển trong các dòng suối của Đại Mạo Sơn, bao gồm lan tục đoạn, loại lan phổ biến nhất ở Hồng Kông và lan trúc lá tre, được gọi như vậy là bởi vì thân cây trông giống như tre, cũng phát triển bên suối của Đại Mạo Sơn. Một số loài thực vật nguyên sinh Hồng Kông như cát lượng hồng trà (Camellia granthamiana), lan kim tuyến Hồng Kông (Anoectochilus roxburghii) hay dẻ tùng sọc trắng (Amentotaxus argotaenia) cũng có ở đây.

Trong thời kỳ Nhật Bản chiếm đóng Hồng Kông trong Chiến tranh thế giới II, hầu hết các cây cối trong vườn đã bị chặt hạ và việc tái trồng rừng đã được thực hiện sau chiến tranh. Cây cối được trồng hầu hết không có nguồn gốc tự nhiên như Pinus massoniana, Acacia confusa, Lophostemon confertus, và tràm lá dài (Melaleuca leucadendra). Khu vực này đã trở thành một trong những khu đồn điền trồng rừng chính ở Hồng Kông.